杨  龙
发布时间:2012-11-11 | 浏览次数: | 文章作者: | 发布人:植保学院

一、个人简介

杨龙,博士,民主建国会会员,副教授,硕士生导师,烟草系副主任,山东省现代农业产业技术体系烟草创新团队育种岗位专家,果树学“泰山学者”攀登计划团队骨干成员,山东农业大学农业大数据中心生物信息中心专家,山东农业大学“1512”第三层次人才。20086月,在浙江大学获农学博士学位后到山东农业大学工作,2009-2012年,山东农业大学生物学博士后研究,20115-20124月,韩国釜山大学计算机学院博士后研究。

二、承担课程

本科生:《烟草育种学》、《烟草专业英语》、《烟草研究进展》、《烟草综合实习3》、《烟草学》

研究生:《植物病原生物信息学》、《烟草育种研究进展》、《烟草信息学》、《烟草优质高效生产理论与实践》

三、研究领域

(一)、生物信息学

生物大数据平台的构建及应用,植物分子标记的大规模开发,生物大数据的多组学分析,基于新一代测序技术的基因组学分析、比较基因组学分析、宏基因组学分析、转录组学分析。

(二)、分子生物学

特异分子标记的开发,烟草指纹图谱的构建,烟草种质纯度鉴定,烟草抗性基因定位。

(三)、遗传育种

烟草种质资源研究,烟草特异性状的遗传分析,烟草诱变育种,分子标记辅助选择育种,现代育种与常规育种技术的联合应用。

四、研究方向

(一)、生物数据库的构建及应用

1、分子标记数据库

分子标记在现代生物研究中发挥着及其重要的作用,课题组感兴趣的是新型分子标记的大规模开发和数据库的构建。课题组前期开发了潜在的内含子多态性数据库(PIP),禾本科微卫星标记数据库(PSSRD),水稻两种主要病害的全基因组关联标记数据库(GMGM),烟草单核苷酸多态性标记数据库(NSNP),小麦分子标记数据库(WMMD),植物SSRIP联合标记数据库(PSID)等分子标记数据库。

2、综合性生物数据库

生物大数据的井喷式增长,给综合性数据库的构建奠定了数据基础,课题组感兴趣的是生物大数据清洗、分类、归纳、整理,构建出以用户体验为主的界面友好的便捷的“傻瓜式”综合性数据库。课题组前期构建了烟草遗传育种数据库TGB),植物选择性剪切位点数据库(PSJ),烟草遗传及基因组应用数据库(GAN),植物家族数据库(PGF)等综合性数据库。

3、生物工具数据库

生物数据的分析和数据的挖掘,应以实战应用为主,课题组感兴趣的是基于实际应用中需求,进行有针对的开发相关生物在线工具。课题组前期开发了植物单核苷酸多态性位点查找数据库(csSNP),茄属和烟属注释工具数据库(SNAMT)等生物工具数据库。

(二)、基于新一代测序技术的生物信息学分析

新一代测序技术已经逐步渗透到现代生物研究的方方面面,逐步成为了生物研究的常用工具。课题组感兴趣的是1、基因组学和转录组的测序分析及应用。2、在基于现有测序分析的优缺点基础上,着重于研发数据分析的模式化和流程化,减少个性化分析的麻烦。课题组已通过新一代测序获得辣椒疫霉、烟草黑胫病菌、苯酚降解菌的全基因组。利用三代测序技术,对烟田土壤宏基因组进行连续跟踪,尤其对主要病害的关联菌落进行分析。另外,对人类肠道菌群进行分析,协助研发人类宏基因组健康检测产品。

(三)、烟草种质资源工作

1、烟草种质资源收集

课题组连续多年从全国各地搜集地方主栽品种和地方材料,从津巴布韦,巴西,美国引进国外特色材料,与美国北卡种质资源库、国家烟草种质资源库建立了资源共享的合作关系。目前共收集到烟草种质资源5267份,类型包括野生种、烤烟、晾烟、晒烟、雪茄烟、马里兰烟、白肋烟、香料烟等。

2、烟草种质资源信息整理及挖掘

每年种植部分种质资源,进行田间农艺性状、抗性性状、生理生化性状等52个条目的详细调查,把信息整理,构建烟草遗传育种的数据库(TGB)。和中国农科院烟草所合作,构建烟草遗传和基因组数据库(GAN)。目的是搭建烟草种质资源研究的大数据平台,为下一步深入挖掘种质资源信息奠定平台基础。

3、烟草种质资源相关标记

大规模开发烟草SSRSNPILP等分子标记,构建烟草SSR标准数据库(TMD),扫描烟草基因组中的SNP,进行相关分子验证(NSNP),构建系统发育树,为种质纯度鉴定、主栽材料指纹图谱、种质资源分类和进化研究提供理论依据。

4、烟草基因组工作

利用生物信息学和比较基因组学的方法,深入挖掘获得的烟草基因组信息。在基因组的保守区段、功能元件、性状关联分析、基因家族分析、特异标记开发上进行深入分析。基于病原及寄主基因组信息,探析烟草中寄主与病原的互作及协同进化关系。利用宏基因组学的方法,探析微生物对烟草调制的影响。

五、承担项目

1、山东省现代农业产业技术体系,烟草创新团队育种岗位,125万,主持。

2、国家自然科学基金青年项目,30900780/C0601、植物基因组中内含子元件的跨物种保守性分析及其在烟草分子标记开发中的应用、20万元、主持。

3、国家博士后特别资助基金,201104647、基于SNP位点新型分子标记的大规模开发及其在烟草中的应用、10万元、主持。

4、中国农科院烟草研究所开放课题,烟草病原与寄主互作数据库的构建及应用、7万,主持。

5、国家博士后基金,20090461260,植物基因组中内含子元件的跨物种保守性分析、3万元、主持。

6、山东省博士后基金,烟草远缘杂交不亲和存在原因及解决办法的研究、3万,主持。

7、山东农业大学博士后基金,烟草及小麦内含子长度多态性分子标记的应用、4万,主持。

8、山东农业大学农大数据基金,植物生物数据库的构建及应用、2万,主持。

9、山东农业大学青年基金,烟草种植资源的收集、整理及数据库的构建、2万,主持。

10、863计划,2006AA10Z1E2,植物ILP标记的大规模开发与数据库建设、80万元,第二完成人。

六、发表文章

1.Yi Wang, Shuangshuang Wang,Dongjie ZhouShuai YangYongchao XuChao YangLong Yang*. CsSNP: A Web-Based Tool for the Detecting of Comparative Segments SNPs. Journal of Computational Biology.23(7): 597-602.2016.

2.Yi Wang, Xiaju Liu, Chong Ren, Ganyuan Zhong, Long Yang, Shaohua Li, Zhenchang Liang. Identification of genomic sites for CRISPR/Cas9-based genome editing in the Vitis vinifera genome. BMC plant biology, 16(1):1.2016.

3.Bingbing Cai,Qiang Li, Yongchao Xu, Long Yang, Huanggai Bi,Xizhen Ai. Genome-wide analysis of the fructose 1, 6-bisphosphate aldolase (FBA) gene family and functional characterization of FBA7 in tomato. Plant Physiology and Biochemistry.108:251-265.2016.

4.Nan Wang,Yi Zheng, Naibin Duan,Zongying Zhang,Xiaohao Ji,Shenghui Jiang,Long Yang,Yang Bai, Zhangjun Fei,Xuesen Chen. Comparative Transcriptomes Analysis of Red-and White-Fleshed Apples in an F1 Population of Malus sieversii f. niedzwetzkyana Crossed with M. domestica ‘Fuji’. PloS one. 10(7), e0133468.2015.

5.Xiahao Ji, Rui Zhang, Nan Wang, Long Yang,Xueseb Chen. Transcriptome profiling reveals auxin suppressed anthocyanin biosynthesis in red-fleshed apple callus (Malus sieversii f. niedzwetzkyana). Plant Cell, Tissue and Organ Culture. 123(2):389-404.2015.

6.Yi Wang,Chao Yang,Qiaojun Jin,Dongjie Zhou,Shuangshuang Wang,Yuanjie Yu,Long Yang*.Genome-wide distribution comparative and composition analysis of the SSRs in Poaceae. BMC Genetics.16:18.2015.

7.Shouqian Feng, Yongchao Xu,Long Yang,Shasha Sun,Deyun Wang,Xusen Chen.  Genome-wide identification and characterization of R2R3-MYB transcription factors in pear. Scientia Horticulturae. 197:176-182.2015

8.Yi Wang,Dongjie Zhou,Shuangshuang Wang,Long Yang*.Large scale detection and application of EST-SNPs in Nicotiana.  Genetics and Molecular Research.14(3):7793-7800.2015.

9.Wenjie Feng, Yi Wang, Lisha Huang, Chuanshun Feng,Zhaohui Chu,Xinghua Ding, Long Yang*. Genomic-associated Markers and comparative Genome Maps of Xanthomonas oryzae pv. oryzae and X. oryzae pv. oryzicola. World Journal of Microbiology and Biotechnology, 31(9), 1353-1359. 2015. 

10.Wei Yang Zhang, Yong Chao Xu,Wen Lan Li, Long Yang, Xun Yue, Xian Sheng Zhang, Xiang Yu Zhao.Transcriptional Analyses of Natural Leaf Senescence in Maize. PLoS ONE.9(12):e115617. 2014.   

11.Lisha Huang, Hengchun Cao, Long Yang*, Yuanjie Yu,Yujun Wang.Large-scale development of PIP and SSR markers and their complementary applied in Nicotiana.Russian Journal of Genetics.49(8):827-838.2013.

12.Hengchun Cao,Yujun Wang,Zhixin Xie,Lisha Huang,Houjuan Xu,Li Zhang,Ming Bian,Guangwei Sun,Shuaishuai Han,Long Yang*. TGB: the Tobacco Genetics and Breeding database.Molecular Breeding. 31(3):655-663.2013.

13.Long Yang,Hwan-Gue Cho. Comparative Evaluation of Intron Prediction Methods and Detection of Plant Genome Annotation Using Intron Length Distributions . Genomics & Informatics. 10(1):58-64.2012.

14.Xiangqian Zhao, Long Yang, Yan Zheng, Zhaohua Xu, Weiren Wu. Subspecies-specific intron length polymorphism markers reveal clear genetic differentiation in common wild rice (Oryza rufipogon L.) in relation to the domestication of cultivated rice (O. sativa L.). Journal of genetics and genomics. 36(7):435-442.2009.

15.Yan Zheng, Geng Zhang, Fucheng Lin, Zonghua Wang, Gulei Jin, Long Yang, Ying Wang, Xi Chen, Zhaohua Xu, Xiangqian Zhao, Hongkai Wang, Jianping Lu, Gudong Lu. Development of microsatellite markers and construction of genetic map in rice blast pathogen Magnaporthe grisea. Fungal Genetics and Biology. 45(10):1340-1347.2008.

16.Long YangGulei JinXiangqian ZhaoYan ZhengZhaohua Xu, Weiren Wu. PIP: a database of potential intron polymorphism markers.Bioinformatics. 23(6):2174-2177.2007.

17.曹恒春,王毅,黄莉莎,王玉军,于元杰,杨龙*.可可全基因组SSR标记的开发及分析.山东农业大学学报(自然科学版).2013(3),340-344.

18.黄莉莎,曹恒春,王毅,高强,于元杰,王玉军,杨龙*.烟草主栽品种的SSR指纹图谱的构建及其应用.山东农业大学学报(自然科学版).2013(4): 509-515.

七、联系方式

通信地址:山东省泰安市岱宗大街61号,山东农业大学植保学院

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