山东农业大学在烟草农业大数据平台建设上取得新进展
发布时间: 2018-02-25 | 浏览次数: 13 | 文章作者: | 发布人: 植保学院

近日,山东农业大学在烟草农业大数据平台建设烟草遗传育种数据库构建上取得了新进展,相关研究成果以GAN: a platform of genomics and genetics analysis and application in Nicotiana为题,发表在Web of Science收录的Q1类杂志《数据库(Database)》上。

烟草种质资源是培育优质、高产、抗病虫害、抗逆烟草新品种的材料基础,优异的种质材料是育种工作取得突破性进展的关键。随着新一代测序技术的发展,烟草基因组数据资源丰富,针对于这些大数据进行挖掘和分析工作也迫在眉睫。山东农业大学烟草系联合中国农业科学院烟草研究所和玉溪中烟种子有限责任公司构建了烟草种质资源和基因组分析与应用数据库(GANhttp://biodb.sdau.edu.cn/gan/)。

  数据库共包含有资源、基因分析、生物信息学工具和辅助4个模块。资源模块中包括目前已知最多的5,267份烟草种质资源和9个烟草基因组数据及其详细信息;基因分析模块主要是针对9个烟草基因数据扫描了2,239KEGG代谢通路及209,949个基因家族,并开发了3,963,119个基因组SSR标记、10,621,016SNP标记和12,388PIP标记及其引物;生物信息学工具模块中开发整合了仅针对于烟草数据的在线分析工具,包括BlastSSR扫描、引物设计、氨基酸转蛋白、电子PCR验证和烟草基因组浏览器Jbrowse;辅助模块主要是提供了数据下载、数据分析和数据库中英文使用说明等。GAN提供了一个烟草遗传育种数据查询、浏览、下载、分析的大数据平台,该平台是到目前为止烟草种质资源与烟草大数据信息挖掘最全面的综合性数据库。

山东农业大学为第一完成单位,山东农业大学烟草系研究生杨帅和中国农业科学院烟草研究所张兴伟副研究员为文章并列第一作者,山东农业大学杨龙副教授为通讯作者,此研究得到了山东省现代农业产业技术体系烟草创新团队基金的支持。