山东农业大学在烟草分子标记大数据平台建设上取得新进展
发布时间: 2018-07-01 | 浏览次数: 13 | 文章作者: | 发布人: 植保学院

山东农业大学在烟草分子标记大数据平台建设上取得新进展

近日,山东农业大学在烟草分子标记大数据平台建设上取得了新进展,相关研究成果以Comparative genome-wide characterization leading to simple sequence repeat marker development for Nicotiana为题,发表在Web of Science收录的Q1类杂志《BMC Genomics》上。

烟草分子标记是烟草分子育种等基础研究和应用研究的有力工具,随着7个烟草基因组数据资源的释放,针对于这些基因组大数据进行分子标记挖掘和分析工作也迫在眉睫。山东农业大学烟草系联合中国科学院昆明植物研究所、美国乔治亚大学、云南省农业科学院和云南烟草农业科学研究院构建了烟草分子标记分析与应用平台(http://biodb.sdau.edu.cn/tmpd/index.html)。

烟草分子标记大数据平台包含有2,483,032个SSRs(1到10重复单元),其中1到3单元的占到全部的98%。基于这些位点信息,开发了1,224,048个NIX(non-redundant Nicotiana)分子标记,这些标记中99.98%的都是之前未曾报道的新标记。借助分子生物学试验,开发并验证了这些标记的准确性和可靠性。进而提供了一个烟草分子标记大数据查询、浏览、下载、分析的平台,该平台是到目前为止烟草分子标记大数据信息挖掘最全面的平台。

中国科学院昆明植物研究所的王学文研究员为文章第一作者,山东农业大学杨龙副教授与美国乔治亚大学的美国科学院院士Jeffrey L. Bennetzen为并列通讯作者,此研究得到了山东省现代农业产业技术体系烟草创新团队基金的支持。

文章地址:https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4878-4