植物鸟嘌呤四联体(G-Q)的大数据分析及数据库构建取得新进展
发布时间: 2019-01-16 | 浏览次数: 377 | 文章作者: | 发布人: 植保学院

山东农业大学在植物鸟嘌呤四联体(G-Q)的大数据分析及数据库构建上取得了新进展,相关研究成果以Plant-GQ: an integrative database of G-quadruplex in plant 为题,发表在SCI收录的《Journal of Computational Biology》上(五年影响因子3.118)。

G-Q是植物中常见的高级DNARNA二级结构,参与转录、翻译和端粒维持等重要生物过程,随着植物测序物种的增多,植物中进行G-Q的大规模扫描和分析也逐渐提上日程。本研究从公共数据平台上获得了195个植物的基因组及注释文件,利用perl程序对G-Q结构的进行了分析和预测。共得到626,341,645个预测的G-Q,进而构建了一个有关植物G-Q的综合数据平台(http://biodb.sdau.edu.cn/plantgq/index.php)。该平台提供了植物的所有G-Q信息,可以在线查找、展示、分析。该平台还提供了一个在线预测工具,可对任意的gene, CDSFASTA文件中的G-Q信息进行在线预测及分析与展示。该数据库将在植物G-Q的结构、功能的研究中发挥重要作用。

本论文的第一作者为山东农业大学17级植物保护专业硕士研究生盖芳芳,植保学院的杨龙副教授为通迅作者,该项目受到山东省现代农业产业体系资助。