重大突破!山东农业大学完成文冠果基因组测序
发布时间: 2019-06-27 | 浏览次数: 508 | 文章作者: | 发布人: 植保学院

由山东农业大学牵头的文冠果基因组研究团队,历时两年半,完成了文冠果基因组测序和组装。相关研究成果以The genome assembly and annotation of yellowhorn (Xanthoceras sorbifolium Bunge)为题,发表在Web of Science收录的Q1类杂志《GigaScience》上。

文冠果基因组利用PacBio测序、BioNano测序、Hi-C测序和10X 基因组数据,整合组装得到文冠果优株“WF18”基因组为439.97 Mb,并将其中的419.84 Mb(占基因组的95.42%)组装到15条染色体。文冠果基因组重复率占56.39%,有21,059可编码蛋白的基因,其中18,503 (占87.86%) 可以注释到已知数据库。转录组分析显示,两性花、雄花、幼果、叶片和新梢分别具有341、135、125、113和100个特异基因。进化分析表明,文冠果和龙眼在4600万年前具有共同祖先。

山东农业大学林学院博士研究生梁强和植保学院烟草系硕士研究生李华阳是论文共同第一作者,山东农业大学林学院杨克强教授、山东开源基因有限公司总经理刘建宁和山东农业大学植保学院杨龙副教授为论文共同通讯作者。

文章地址:

https://academic.oup.com/gigascience/article/8/6/giz071/5523203