植物叶绿体基因组反向重复序列的大数据分析及数据库构建取得新进展
发布时间: 2019-10-08 | 浏览次数: 137 | 文章作者: | 发布人: 植保学院

山东农业大学在植物叶绿体基因组反向重复序列的大数据分析及数据库构建上取得了新进展,相关研究成果以PCIRa database of Plant Chloroplast Inverted Repeats为题,发表在SCI收录的《Database》上(五年影响因子3.793)。

反向重复序列(IRs)是植物中常见的高级DNA二级结构,参与基因沉默、DNA复制和基因组稳定等重要生物过程,随着植物测序物种的增多,植物叶绿体中进行反向重复序列的大规模扫描和分析也逐渐提上日程。本研究从公共数据平台上获得了113个植物叶绿体的基因组及注释文件,利用perl程序对IRs结构进行了分析和预测。共得到21,433个预测的IRs,进而构建了一个有关植物叶绿体IRs的综合数据平台(http://biodb.sdau.edu.cn/pcir/index.php)。该平台提供了植物IRs信息,可以实现在线查找、展示、分析。该平台还提供了geneCDSFASTA文件中的IRs信息在线预测及分析的工具。

本论文的第一作者为山东农业大学17级烟草专业硕士研究生张蕊,植保学院的杨龙副教授为通迅作者,该项目受到山东省现代农业产业体系资助。